ศูนย์พัฒนาราษฎรบนพื้นที่สูงจังหวัดพะเยา จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๒๗ ตุลาคม ๒๕๒๕ โดยมีชื่อหน่วยงานในขณะนั้นว่า “ศูนย์พัฒนาและสงเคราะห์ชาวเขาจังหวัดพะเยา” สังกัดกองสงเคราะห์ชาวเขา กรมประชาสงเคราะห์ ดำเนินการในรูปแบบเขตพื้นที่พัฒนาสมบูรณ์แบบ สนับสนุนให้ชาวเขาตั้งถิ่นฐานเป็นหลักแหล่ง จัดหน่วยเคลื่อนที่ปฏิบัติงานในหมู่บ้านและกลุ่มบ้านที่ยังไม่มีหน่วยงานใดเข้าถึง เพื่อให้ความช่วยเหลือแก่ราษฎรที่อยู่ห่างไกล
ปี ๒๕๔๙ ได้มีการปรับเปลี่ยนภารกิจโครงสร้างหน่วยงานราชการ และได้มีการปรับภารกิจเดิมจาก ศูนย์พัฒนาและสงเคราะห์ชาวเขาจังหวัดพะเยา มาเป็นชื่อหน่วยงาน “ศูนย์พัฒนาสังคม หน่วยที่ ๓๑ จังหวัดพะเยา” สังกัดสำนักพัฒนาสังคม กรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ ปรับภารกิจมาเป็นการพัฒนาสังคมและส่งเสริมการจัดสวัสดิการสังคมแก่ประชาชน ได้แก่ เด็กเยาวชน ,สตรี , คนพิการ ,ผู้สูงอายุ ,ผู้ด้อยโอกาส และครอบครัวผู้ประสบปัญหาทางสังคม ครอบคลุมทั้งจังหวัด
ปี ๒๕๕๘ มติรัฐมนตรีปรับเปลี่ยนภารกิจโครงสร้างหน่วยงานราชการ กระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ และให้ปรับจากภารกิจเดิม คือ ศูนย์พัฒนาสังคมหน่วยที่ ๓๑ จังหวัดพะเยา มาเป็น “ศูนย์พัฒนาชาวเขาจังหวัดพะเยา” สังกัดกองกิจการนิคมสร้างตนเองและพัฒนาชาวเขา กรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ เพื่อส่งเสริมพัฒนาชาวเขาและคนไทยบนพื้นที่สูงให้มีคุณภาพชีวิตที่ดีสอดคล้องกับภูมิสังคม ตามแนวพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระปรมินทร มหาภูมิพลอดุลยเดช โดยยึดหลักปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียงเป็นหลักในการดำเนินงาน
และในปี ๒๕๕๙ ประกาศกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ และได้เปลี่ยนชื่อหน่วยงานอีกครั้ง มาเป็น “ศูนย์พัฒนาราษฎรบนพื้นที่สูงจังหวัดพะเยา” สังกัด กองพัฒนาสังคมกลุ่มเป้าหมายพิเศษ กรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ กระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ ดูแลครอบคุลมกลุ่มเป้าหมายราษฎรบนพื้นที่สูง ๗ อำเภอ ๑๗ ตำบล ๖๐ หมู่บ้าน จำนวนประชากร ๓๐,๖๕๕ คน ประกอบด้วย ม้ง เมี่ยน ลีซู ลั๊วะ และคนไทยพื้นที่สูง